Kisah gelap Steins;Gate yang tak terceritakan, mengarah pada perjuangan ilmuan gila, Okabe, untuk pulih dari kegagalannya menyelamatkan Kurisu. Dia memutuskan untuk menyerah dan berusaha untuk melupakan masa lalu. Saat semuanya terasa normal, dia ditarik ke masa lalu saat dia bertemu dengan kenalannya Kurisu, yang mengaku bahwa mereka tengah menguji sebuah perangkat untuk menyimpan memori manusia dan menciptakan simulasi sesuai karakteristik dan kepribadian mereka. Okabe mulai mencobanya dan mengetahui bahwa simulasi Kurisu membawa penderitaan dan tragedi tak terduga.